Criticile și controversele din jurul modelului Minnesota sunt legate în principal de accentul său spiritual, costurile ridicate și practicile considerate de către unii ca fiind învechite:

• Aspectul spiritual: modelul Minnesota bazat pe programele în 12 pași și pe cadrul spiritual a dus la critici conform cărora acesta nu se aliniază cu diversele sisteme de credințe ale tuturor pacienților, în special ale celor care nu sunt religioși sau provin din medii cultural- spirituale diferite.

Să menționăm totuși că recuperarea din dependențe bazată pe programele în 12 pași nu se referă câtuși de puțin la o educație religioasă, ci propune o schimbare de paradigmă a gândirii, prin utilizarea din punct de vedere neurobiologic a cortexului prefrontal asociativ- sediul gândirii superioare a omului, conectarea interumană (conștiința de grup) și conectarea cu o  Putere Superioară- Dumnezeu așa cum îl înțelege fiecare.

• Costuri ridicate: prin natura participării intensive la programul de recuperare, inclusiv in cazul internărilor în centre rezidențiale, costurile ridicate ale tratamentului reprezintă o barieră semnificativă pentru multe persoane, făcându-l mai puțin accesibil pentru cei fără  mijloace financiare suficiente. Este știut faptul că asigurarea medicală  în țara noastră nu acoperă aceste costuri.

Totuși,  la un calcul mai atent se poate vedea că sumele de bani acordate dependenței pot fi de fapt redirecționate către costul recuperării.

• Practici învechite: Criticii susțin că modelul Minnesota, dezvoltat în anii 1950, ar trebui să fie adaptat nevoilor actuale în tratamentul dependenței.

Este important pentru noi să menționăm că modelul Minnesota are dovezi de eficiență validate statistic, este flexibil, multidisciplinar și personalizabil în funcție de nevoile beneficiarului. Consilierul în adicții poate îndruma către alți membri ai echipei de recuperare (psihiatri, psihoterapeuți, consilier spiritual) în funcție de nevoile fiecărui beneficiar, sprijinind terapia individuală și de grup pentru a aborda dependența în mod cuprinzător.